More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1614 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  98.71 
 
 		 310 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  89.58 
 
 		 321 aa  560  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  79.73 
 
 		 303 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  74.75 
 
 		 303 aa  454  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  74.09 
 
 		 306 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  70.76 
 
 		 303 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 303 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  67.45 
 
 		 303 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  71.1 
 
 		 317 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  66.45 
 
 		 309 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 306 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 303 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  65.66 
 
 		 306 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  49.18 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 337 aa  269  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 324 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 435 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 428 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 415 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 324 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 344 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.26 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.28 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.15 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.26 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  186  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>