More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0203 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.34 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  99.34 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  99.34 
 
 		 304 aa  620  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  99.01 
 
 		 304 aa  618  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  98.68 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  90.46 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  90.46 
 
 		 304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  90.46 
 
 		 304 aa  573  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  90.13 
 
 		 304 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  89.8 
 
 		 304 aa  570  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  86.53 
 
 		 300 aa  538  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 295 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  47.77 
 
 		 327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 298 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 293 aa  270  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 298 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  46.02 
 
 		 298 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 298 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 313 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  45.33 
 
 		 297 aa  264  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 303 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 314 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 314 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  47.42 
 
 		 300 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 314 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 300 aa  258  8e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  46.39 
 
 		 293 aa  258  9e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 293 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  44.9 
 
 		 299 aa  251  7e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  45.67 
 
 		 343 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 308 aa  248  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 298 aa  248  6e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 291 aa  245  6.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 300 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 295 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 300 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  37.23 
 
 		 286 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  208  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 349 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  37.16 
 
 		 349 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>