More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4143 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  82.06 
 
 		 303 aa  494  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  74.75 
 
 		 310 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  74.09 
 
 		 321 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  74.75 
 
 		 310 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  69.44 
 
 		 306 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  66.01 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  65.33 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 303 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 303 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  60.73 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 303 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  60.13 
 
 		 309 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 323 aa  360  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  62.71 
 
 		 317 aa  359  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 305 aa  252  5.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 302 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 344 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 323 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 323 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.52 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.68 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 324 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 312 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 292 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 292 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  35.62 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 288 aa  179  7e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  178  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>