More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3062 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 298 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  82.21 
 
 		 304 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  58.84 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 297 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  58.7 
 
 		 298 aa  353  1e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  58.7 
 
 		 299 aa  352  4e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 297 aa  347  9e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  55.63 
 
 		 309 aa  346  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 305 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 308 aa  340  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 323 aa  337  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 298 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 294 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 294 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 294 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 294 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 313 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 294 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 294 aa  319  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 308 aa  318  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 307 aa  315  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  53.92 
 
 		 300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 297 aa  305  4.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 300 aa  301  8.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  291  8e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 296 aa  291  9e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 296 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 294 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 294 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 294 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 297 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 305 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.72 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.42 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.38 
 
 		 289 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  35.44 
 
 		 288 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 292 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 292 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 293 aa  205  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 307 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 323 aa  202  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  202  4e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 320 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 335 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 316 aa  196  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>