More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4096 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  625  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 323 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 308 aa  341  9e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.95 
 
 		 298 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  51.88 
 
 		 304 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 298 aa  322  6e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 		 299 aa  322  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  318  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  52.7 
 
 		 298 aa  318  7e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  52.68 
 
 		 309 aa  318  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 294 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 307 aa  315  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  52.9 
 
 		 297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 298 aa  311  9e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 297 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 294 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 294 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 294 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 297 aa  310  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 305 aa  309  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 294 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 294 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 299 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 299 aa  299  4e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 297 aa  296  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 300 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 300 aa  284  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 294 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 294 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 294 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 314 aa  230  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3358  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0114591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  199  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 334 aa  198  9e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.76 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 344 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3100  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.394543  normal  0.218062 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  35.17 
 
 		 295 aa  195  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 318 aa  192  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 324 aa  192  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 334 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  36.93 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 312 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 316 aa  188  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  36.93 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  36.6 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 324 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 324 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  36.64 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  30.95 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>