More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0279 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  100 
 
 		 304 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  98.03 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  98.36 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  98.03 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  98.03 
 
 		 304 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  90.46 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  90.13 
 
 		 304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  90.13 
 
 		 304 aa  574  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  90.46 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  90.46 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  90.46 
 
 		 304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  89.8 
 
 		 304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  90.13 
 
 		 304 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  90.13 
 
 		 304 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  85.86 
 
 		 300 aa  536  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  67.7 
 
 		 295 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 295 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  48.46 
 
 		 327 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 298 aa  275  9e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 293 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 		 298 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 298 aa  268  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 298 aa  268  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 298 aa  266  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 303 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 313 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 313 aa  261  8e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 313 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 		 300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 314 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  47.08 
 
 		 293 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  45.33 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 314 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 293 aa  255  8e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 300 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  46.08 
 
 		 343 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 300 aa  244  9e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 291 aa  244  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  42.95 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 300 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  225  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  37.86 
 
 		 286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 349 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  37 
 
 		 349 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 320 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 320 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 316 aa  192  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 320 aa  189  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 320 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>