More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0554 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  589  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  68.15 
 
 		 312 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 299 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 296 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 301 aa  345  6e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 310 aa  282  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 320 aa  282  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 319 aa  265  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 301 aa  265  7e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 317 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 317 aa  262  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 301 aa  258  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  49.66 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  47.95 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  48.81 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 320 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.75 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  216  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 301 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 307 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.07 
 
 		 305 aa  202  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 298 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  39.2 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.75 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  41.95 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>