More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0546 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  608  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  72.48 
 
 		 301 aa  448  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  73.91 
 
 		 300 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  73.49 
 
 		 311 aa  440  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  68.12 
 
 		 301 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 301 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  54.7 
 
 		 307 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 310 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 305 aa  268  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 312 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 		 320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 299 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  45.95 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  48.62 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 317 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 320 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 317 aa  225  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  47.18 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 313 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  44.65 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 330 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  41.08 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.34 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 321 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 335 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  38.85 
 
 		 327 aa  195  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 327 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.87 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  36.3 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>