More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2711 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 302 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.61 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.32 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 338 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.85 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  38.23 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 334 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  35.76 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 293 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 323 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 323 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  205  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 292 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.54 
 
 		 302 aa  202  7e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 312 aa  195  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 318 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 318 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  195  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>