More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3612 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  610  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 311 aa  330  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  53.87 
 
 		 301 aa  320  1.9999999999999998e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  54.36 
 
 		 300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 301 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 319 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 320 aa  242  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 305 aa  241  7.999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 312 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 310 aa  238  6.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 317 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 300 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  45.27 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 320 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 320 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 320 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 317 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  41.95 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  40.7 
 
 		 330 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 299 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.48 
 
 		 304 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  37.5 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  38.81 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 321 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  35.86 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  35.86 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  35.86 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  35.52 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  35.17 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>