More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3430 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
330 aa  658    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
308 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
320 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
293 aa  218  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
320 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
349 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  40.33 
 
 
349 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
320 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
320 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 
299 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
305 aa  209  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
303 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 
312 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  41.92 
 
 
300 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 
335 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
320 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
310 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
317 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  40.7 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 
305 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 
298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
319 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 
300 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.18 
 
 
304 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 
305 aa  193  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
309 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
296 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
306 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
305 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 
298 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
299 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 
317 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
301 aa  189  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 
308 aa  188  9e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
314 aa  188  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
303 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 
299 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
304 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
298 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
299 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
302 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
312 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.97 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 
317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.29 
 
 
305 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.88 
 
 
318 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
350 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
296 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
298 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
289 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
323 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
313 aa  178  9e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
303 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.46 
 
 
303 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
310 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
300 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
304 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
298 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
323 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
303 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
298 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.98 
 
 
309 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
295 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
298 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
301 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
428 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.59 
 
 
289 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
415 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
322 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  34.88 
 
 
435 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
294 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
303 aa  177  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 
306 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 
300 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
315 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
310 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
313 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>