More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2734 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  598  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  67 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  67.56 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  65.76 
 
 		 305 aa  384  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  61.9 
 
 		 305 aa  359  3e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  57.1 
 
 		 320 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 312 aa  334  9e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  53.2 
 
 		 349 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 349 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 320 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 320 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 320 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 319 aa  310  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 320 aa  295  6e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  54.92 
 
 		 317 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  54.58 
 
 		 317 aa  293  2e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  52.03 
 
 		 304 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 300 aa  269  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  47.75 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  48.16 
 
 		 307 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 312 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 299 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 313 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 298 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  41.08 
 
 		 327 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  39.73 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  36.79 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  40.34 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.69 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  36.36 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 320 aa  185  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 327 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.93 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 312 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  35.81 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>