More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1152 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  89.8 
 
 		 298 aa  521  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  88.89 
 
 		 298 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  73.56 
 
 		 298 aa  402  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  62.84 
 
 		 298 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  61.49 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 297 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 298 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 298 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 298 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 300 aa  359  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 295 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  66.9 
 
 		 300 aa  357  9e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 300 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 313 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 300 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  62.24 
 
 		 327 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 300 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 295 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  60.81 
 
 		 298 aa  352  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  63.85 
 
 		 300 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 303 aa  351  8.999999999999999e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  63.97 
 
 		 300 aa  350  1e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 298 aa  350  1e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  61.9 
 
 		 298 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  66.78 
 
 		 303 aa  349  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  63.97 
 
 		 308 aa  348  5e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 314 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 314 aa  348  7e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  66.44 
 
 		 303 aa  347  1e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 314 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 313 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 314 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 313 aa  346  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 303 aa  345  6e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  63.3 
 
 		 343 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 315 aa  343  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  59.12 
 
 		 298 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  65.51 
 
 		 300 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 299 aa  318  7e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 295 aa  281  8.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  49.15 
 
 		 299 aa  272  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 293 aa  264  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 304 aa  264  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 304 aa  263  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 304 aa  263  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.64 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  44.64 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  44.64 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  45.67 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  45.67 
 
 		 304 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 293 aa  258  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  45.33 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  48.14 
 
 		 293 aa  257  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  45.33 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 293 aa  256  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  44.98 
 
 		 304 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  40.71 
 
 		 286 aa  247  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.97 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 310 aa  199  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.05 
 
 		 290 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.89 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 288 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 297 aa  182  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>