More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1221 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 294 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 320 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 310 aa  221  9e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  42.27 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.86 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.59 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 317 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  40.47 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  215  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 304 aa  206  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  39.94 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 328 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 313 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 306 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  38.49 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 340 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  38.14 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  198  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  37.8 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  37.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  38.14 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  37.8 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>