More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4655 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  644    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  95.95 
 
 		 298 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  96.28 
 
 		 298 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  93.24 
 
 		 298 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 303 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  68.46 
 
 		 295 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  68.23 
 
 		 327 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  60.48 
 
 		 298 aa  360  2e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  62.33 
 
 		 298 aa  359  4e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  61.99 
 
 		 298 aa  358  7e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  62.67 
 
 		 297 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  59.72 
 
 		 298 aa  355  6.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  59.03 
 
 		 298 aa  353  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  59.79 
 
 		 298 aa  345  5e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 297 aa  342  5.999999999999999e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 298 aa  336  1.9999999999999998e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  61.25 
 
 		 302 aa  324  9e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  54.73 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 298 aa  322  5e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  61.03 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  61.03 
 
 		 303 aa  318  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  61.03 
 
 		 303 aa  318  9e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  57.39 
 
 		 343 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 300 aa  305  7e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 314 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 313 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 299 aa  299  4e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 315 aa  298  8e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  55.99 
 
 		 313 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 293 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  52.9 
 
 		 300 aa  281  7.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  46.67 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 293 aa  280  3e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  47.47 
 
 		 293 aa  280  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 293 aa  275  8e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 291 aa  271  7e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 295 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  46.67 
 
 		 304 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 304 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 304 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.91 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  44.91 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 304 aa  258  8e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  46.32 
 
 		 304 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 304 aa  258  9e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  46.32 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 300 aa  256  5e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  39.08 
 
 		 286 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 303 aa  231  9e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 311 aa  222  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 320 aa  212  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 317 aa  201  9e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  38.51 
 
 		 349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 317 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  39.53 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>