More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2248 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  635    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 312 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.14 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  42.23 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 349 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  41.88 
 
 		 349 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.62 
 
 		 304 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.68 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  216  5.9999999999999996e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 317 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  43.06 
 
 		 300 aa  215  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 320 aa  212  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 323 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 334 aa  212  9e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 324 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 334 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 334 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 330 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 292 aa  209  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 324 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 324 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  41.72 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 324 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 291 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>