More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2534 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  98.32 
 
 		 299 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 296 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 312 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 301 aa  362  4e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 301 aa  324  1e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  48.1 
 
 		 320 aa  275  7e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 310 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 305 aa  272  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 312 aa  268  8.999999999999999e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  52.07 
 
 		 305 aa  263  4e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 301 aa  252  6e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 311 aa  251  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 319 aa  249  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  45.39 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 300 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  49.13 
 
 		 317 aa  235  6e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 321 aa  231  9e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  47.62 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  42.03 
 
 		 349 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 349 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 320 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 320 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 317 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 320 aa  219  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 307 aa  216  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 327 aa  215  9e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 327 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 327 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  41.36 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 362 aa  205  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 295 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  201  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 306 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.21 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 323 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>