More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3240 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  53.49 
 
 
303 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 
335 aa  328  8e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  48.84 
 
 
307 aa  318  6e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 
304 aa  308  5e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  47.84 
 
 
302 aa  305  9.000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 
299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 
298 aa  301  9e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
298 aa  301  9e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
298 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
296 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 
298 aa  298  9e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
298 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
295 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
309 aa  264  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
299 aa  253  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  44.52 
 
 
293 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
298 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 
307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 
307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
306 aa  238  8e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 
307 aa  236  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
304 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.69 
 
 
305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 
301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
301 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.81 
 
 
309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
291 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
306 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 
298 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 
298 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 
313 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
293 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
309 aa  229  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
292 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
302 aa  228  7e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.3 
 
 
289 aa  228  7e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
289 aa  228  7e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 
292 aa  228  8e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
293 aa  228  9e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.02 
 
 
297 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
292 aa  228  9e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
293 aa  228  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
292 aa  228  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
298 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
310 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
292 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.53 
 
 
302 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
292 aa  225  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
289 aa  225  8e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
317 aa  225  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
300 aa  225  8e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
303 aa  224  1e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  42.81 
 
 
302 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
313 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
289 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
310 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  40.2 
 
 
302 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
302 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  37.77 
 
 
289 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
305 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 
318 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 
304 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
301 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
316 aa  222  6e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
313 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
289 aa  221  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 
300 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
298 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
313 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 
306 aa  220  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
294 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
305 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.88 
 
 
298 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  36.59 
 
 
290 aa  219  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
294 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
300 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
300 aa  218  7e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
302 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
316 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
301 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>