More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2450 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  619  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  63.79 
 
 
301 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 
299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2354  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 
301 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.373464  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3567  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
301 aa  331  9e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.346329  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 
304 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2207  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 
301 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
301 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 
301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 
301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
301 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 
301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
308 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 
308 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
303 aa  255  6e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
323 aa  255  8e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.37 
 
 
309 aa  254  9e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
303 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
316 aa  242  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 
306 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.15 
 
 
299 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
297 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
301 aa  202  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
298 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
296 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.49 
 
 
305 aa  196  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
315 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
293 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
299 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
298 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 
295 aa  192  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
302 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
298 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
295 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
307 aa  192  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.47 
 
 
297 aa  191  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
295 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
295 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 
301 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 
302 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
306 aa  189  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
305 aa  189  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
298 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 
300 aa  189  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.67 
 
 
302 aa  188  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
295 aa  188  9e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
291 aa  187  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.22 
 
 
311 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
298 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
313 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 
301 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 
296 aa  187  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
310 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
306 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
309 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
298 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
309 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
310 aa  185  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
292 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
328 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
292 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
303 aa  185  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
312 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
304 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
295 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
299 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 
367 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
367 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
305 aa  182  6e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
317 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
351 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
292 aa  182  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
301 aa  182  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
324 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
351 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>