More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3770 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 299 aa  328  6e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 303 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  53.02 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  52.68 
 
 		 308 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 300 aa  291  6e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 304 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 301 aa  270  1e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 302 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 298 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 297 aa  252  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 298 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 298 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 309 aa  222  6e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.57 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 317 aa  212  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 302 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 342 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 322 aa  205  8e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 298 aa  201  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  42.52 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  37.8 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 320 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.99 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 324 aa  188  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 316 aa  188  8e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 323 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 323 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 324 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 319 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.62 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>