More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1787 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  609  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.37 
 
 		 302 aa  554  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  83.05 
 
 		 299 aa  501  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  73.88 
 
 		 294 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  73.88 
 
 		 313 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  73.54 
 
 		 298 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  72.85 
 
 		 294 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  59.25 
 
 		 293 aa  342  4e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 296 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 295 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 294 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 294 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 294 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 296 aa  295  5e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 399 aa  294  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 335 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.92 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 291 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 293 aa  238  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.53 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 316 aa  229  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.41 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  41.98 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  38.98 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 307 aa  225  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 310 aa  224  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 323 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 301 aa  219  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 322 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 324 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 317 aa  215  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.68 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.38 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>