More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0393 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  80.54 
 
 		 298 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  78.86 
 
 		 298 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 305 aa  419  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 306 aa  419  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 309 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 310 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 299 aa  309  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 307 aa  266  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 307 aa  266  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 302 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 296 aa  261  6.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.92 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 310 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 324 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 335 aa  249  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 301 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 301 aa  244  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.89 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.22 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 333 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 303 aa  235  8e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 301 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 555 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  232  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.12 
 
 		 306 aa  231  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  40.4 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 296 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.62 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 303 aa  221  9e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  39.58 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 321 aa  218  8.999999999999998e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.94 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 362 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>