More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0254 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 298 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 309 aa  269  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 305 aa  265  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 306 aa  264  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 298 aa  261  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 324 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 318 aa  221  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 313 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 555 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.05 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 316 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 333 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.29 
 
 		 335 aa  203  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.42 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 335 aa  191  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.69 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.23 
 
 		 300 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 335 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.13 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.35 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 327 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  36.86 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 304 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>