More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1689 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  98.08 
 
 		 313 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  95.19 
 
 		 313 aa  598  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  93.29 
 
 		 313 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  94.84 
 
 		 316 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  94.84 
 
 		 316 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  93.87 
 
 		 316 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  78 
 
 		 324 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  77.03 
 
 		 317 aa  441  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  76.24 
 
 		 318 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 310 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 302 aa  359  3e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 301 aa  299  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 301 aa  298  7e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  44.59 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 298 aa  255  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.97 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 307 aa  245  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 307 aa  245  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.78 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.55 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.61 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 304 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 300 aa  228  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  44.41 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  41.72 
 
 		 303 aa  225  6e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 309 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 309 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 325 aa  223  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 324 aa  222  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 302 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 304 aa  221  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 304 aa  221  9e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.78 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.76 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 327 aa  220  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 295 aa  219  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 327 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 327 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 555 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 333 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  38.78 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  218  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 331 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 326 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>