More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2095 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 313 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  92.52 
 
 		 294 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  92.52 
 
 		 294 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  73.54 
 
 		 301 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  71.48 
 
 		 302 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  56.7 
 
 		 293 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 294 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  51.92 
 
 		 295 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 399 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 299 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 299 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 299 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 291 aa  259  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.23 
 
 		 305 aa  259  6e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 303 aa  235  8e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  41.64 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 293 aa  230  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  227  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43.31 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 316 aa  223  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.54 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.06 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.16 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 301 aa  212  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  39.32 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.12 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 362 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>