More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1199 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 		 300 aa  625  1e-178  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  70.33 
 
 		 300 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 301 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 301 aa  345  4e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  323  3e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 304 aa  312  4.999999999999999e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 304 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  43.56 
 
 		 307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 316 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.26 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.42 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.92 
 
 		 302 aa  239  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 306 aa  238  9e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.06 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 294 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.79 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 305 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  37.91 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.04 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.54 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35.27 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 290 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 295 aa  209  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.45 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 399 aa  201  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 351 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 291 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>