More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0934 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  615  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  75.17 
 
 		 306 aa  471  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 297 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.77 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.1 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.43 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.36 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 288 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 335 aa  179  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.3 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 304 aa  178  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.21 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 296 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.67 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 298 aa  171  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 334 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.99 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 291 aa  169  8e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.41 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 313 aa  168  9e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  31.86 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>