More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3351 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  100 
 
 		 306 aa  627  1e-179  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 298 aa  471  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  64.98 
 
 		 297 aa  421  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.27 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.66 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 312 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.66 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  32.09 
 
 		 295 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.89 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.66 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 324 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 555 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  33.95 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.21 
 
 		 289 aa  175  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 322 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  33.95 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>