More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0810 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  587  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  61.69 
 
 		 302 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  62.5 
 
 		 296 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 337 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 337 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 333 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 337 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 342 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 325 aa  261  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4580  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2198  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.1 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1317  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00079533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 317 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.37 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.93 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.47 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 312 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.95 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3670  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.93 
 
 		 314 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0418  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 335 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 289 aa  175  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 349 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.77 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 362 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  169  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 351 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>