More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4580 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4580  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  50.5 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 303 aa  235  7e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2198  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 311 aa  218  7.999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599935 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 337 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 333 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1317  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00079533 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 342 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.15 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.79 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  39.31 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.21 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.96 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.22 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.22 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  36 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.31 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>