More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3086 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  596  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0943  putative transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10320  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.548241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  175  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  168  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2435  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.512011  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  155  8e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 298 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.6 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2521  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  148  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.27 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 310 aa  145  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 348 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  27.12 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.28 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4580  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>