More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6327 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  587  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  70 
 
 		 292 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  68.99 
 
 		 291 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  66.32 
 
 		 289 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 291 aa  384  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  62.85 
 
 		 294 aa  382  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 290 aa  346  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  57.85 
 
 		 228 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  41.67 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 312 aa  202  7e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.73 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 313 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  35.05 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.46 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.46 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 301 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 301 aa  188  7e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 321 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2490  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0105522  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.79 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 292 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  35.27 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  37.85 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  175  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>