More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4339 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
322 aa  650    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  69.74 
 
 
307 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  57.32 
 
 
321 aa  346  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4808  LysR family transcriptional regulator  51.41 
 
 
312 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123688  hitchhiker  0.000340462 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  43.25 
 
 
292 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
291 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 
291 aa  219  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
291 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
290 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  39.66 
 
 
289 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
294 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
303 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
306 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
294 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
312 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.93 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  33.11 
 
 
309 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
300 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
314 aa  155  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  32.55 
 
 
307 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
313 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 
306 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
300 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.29 
 
 
302 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 
318 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
304 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
302 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
299 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
297 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
304 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 
305 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 
300 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
313 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
311 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 
306 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 
302 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
555 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
309 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
297 aa  149  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 
300 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.45 
 
 
305 aa  149  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
296 aa  148  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  30.51 
 
 
328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 
307 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
296 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
301 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
333 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
301 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
301 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
298 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 
293 aa  145  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 
295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.86 
 
 
293 aa  145  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
301 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
313 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
326 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
300 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
298 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
315 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2490  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
297 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0105522  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
315 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
335 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
308 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
309 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 
298 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
300 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
307 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
306 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
305 aa  142  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
307 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
307 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1674  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
335 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.195502  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1745  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
335 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
347 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
330 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>