More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2490 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2490  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  603  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0105522  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  35.17 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  32.99 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0854  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2557  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3048  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 367 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 367 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.6 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1715  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535454  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000529291  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000114793  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000121317  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  32.17 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 359 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 362 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 359 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 351 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.2 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  27.56 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3206  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 326 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000350263  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  31.23 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 312 aa  126  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0952  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102057  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3640  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.101202 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  33.08 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0723  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 328 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>