More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1434 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  637    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  47.84 
 
 		 305 aa  305  9.000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 305 aa  275  5e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  42.62 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  42.28 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.84 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 331 aa  263  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 304 aa  258  7e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 320 aa  252  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 310 aa  251  9.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 336 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 291 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 316 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 298 aa  232  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 335 aa  191  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.24 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 326 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.53 
 
 		 309 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 324 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 324 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 324 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  33.79 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.94 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 303 aa  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.28 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 291 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.03 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  30.95 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.03 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 293 aa  168  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.73 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>