More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0152 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  599  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  63.95 
 
 		 296 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  62.24 
 
 		 297 aa  361  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  61.22 
 
 		 302 aa  355  5e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 300 aa  343  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 297 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 301 aa  268  5.9999999999999995e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 301 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.95 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 314 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 297 aa  263  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 300 aa  262  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 310 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 310 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 295 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 299 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  44.07 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 295 aa  248  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 297 aa  246  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 291 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  44.78 
 
 		 297 aa  245  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  43.1 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 297 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 324 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  41.84 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 300 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 324 aa  232  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 296 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  41.55 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 297 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  40.96 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  41.44 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  228  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  41.78 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 297 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4800  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 295 aa  225  6e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  41.02 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>