More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0205 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  73.22 
 
 		 296 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  73.22 
 
 		 296 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4800  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 297 aa  450  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  73.56 
 
 		 303 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  73.06 
 
 		 306 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  69.83 
 
 		 295 aa  431  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 295 aa  427  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 		 295 aa  424  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 305 aa  424  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 297 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  64.6 
 
 		 295 aa  383  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  61.9 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 299 aa  374  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  62.24 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 312 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  64.97 
 
 		 310 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  59.11 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  63.61 
 
 		 297 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  61.22 
 
 		 297 aa  362  3e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 297 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  56.9 
 
 		 297 aa  359  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 297 aa  357  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  58.84 
 
 		 297 aa  355  5.999999999999999e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2045  transcriptional regulator, LysR family  63.95 
 
 		 297 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  59.18 
 
 		 297 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 306 aa  348  5e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 297 aa  348  9e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 		 297 aa  347  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 302 aa  347  1e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  56.12 
 
 		 297 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 297 aa  346  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 297 aa  345  7e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  56.8 
 
 		 300 aa  345  8e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  56.51 
 
 		 301 aa  344  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.44 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  57.82 
 
 		 304 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  57.14 
 
 		 300 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 297 aa  342  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  56.8 
 
 		 297 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 		 297 aa  338  7e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  54.76 
 
 		 298 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 298 aa  335  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6790  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 301 aa  332  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.447849 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 291 aa  328  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 299 aa  325  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4793  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 328 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6827  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 297 aa  323  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  54.42 
 
 		 297 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  54.42 
 
 		 297 aa  322  6e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 297 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6375  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 297 aa  321  8e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.429031 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5627  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 297 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5478  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5384  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4886  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1212  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 297 aa  315  8e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  53.87 
 
 		 296 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  51.36 
 
 		 298 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 		 297 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35490  LysR family transcriptional regulator protein  50.68 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1793  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 297 aa  302  5.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1541  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 297 aa  302  6.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1568  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2296  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 299 aa  300  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01306  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.387264  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2317  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.342284  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1444  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01316  hypothetical protein  48.98 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.370669  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4225  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 275 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.795038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1976  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0934  transcriptional regulator, LysR family  54.76 
 
 		 299 aa  295  5e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.411668 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  53.06 
 
 		 297 aa  292  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0476  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  45.58 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0716  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 296 aa  248  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 301 aa  246  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 329 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>