More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3994 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 297 aa  602  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 295 aa  334  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  54.3 
 
 		 299 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 297 aa  322  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 297 aa  323  3e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  54.08 
 
 		 297 aa  322  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 297 aa  318  5e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 297 aa  317  2e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 297 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  53.2 
 
 		 297 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  51.85 
 
 		 297 aa  311  9e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  52.04 
 
 		 297 aa  308  5.9999999999999995e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  52.04 
 
 		 297 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 297 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  53.06 
 
 		 300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 297 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  301  9e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  52.72 
 
 		 300 aa  298  7e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  53.06 
 
 		 297 aa  296  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  54.21 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.32 
 
 		 297 aa  295  8e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  50.68 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 291 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 297 aa  291  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 295 aa  290  3e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 299 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 300 aa  288  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 312 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4800  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 297 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  48.64 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 297 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2045  transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 		 297 aa  279  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 297 aa  279  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0934  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 299 aa  278  7e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.411668 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 295 aa  278  8e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 305 aa  277  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4793  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 328 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0476  LysR family transcriptional regulator  50.74 
 
 		 318 aa  276  4e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 296 aa  275  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 303 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 302 aa  269  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6827  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6790  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.447849 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 297 aa  265  5.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 296 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6375  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.429031 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5627  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5478  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4886  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5384  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  46.94 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  46.94 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 295 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1541  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1793  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1568  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2296  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  44.78 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0716  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 294 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01306  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.9 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.387264  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2317  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.342284  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01316  hypothetical protein  44.9 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.370669  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1444  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>