More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2916 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  610  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  92.59 
 
 		 297 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  79.12 
 
 		 299 aa  472  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  73.56 
 
 		 297 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 306 aa  458  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 297 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  68.47 
 
 		 297 aa  407  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 297 aa  407  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 299 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  68.47 
 
 		 297 aa  407  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  64.07 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 297 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 295 aa  391  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  67.46 
 
 		 297 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 302 aa  381  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 297 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2045  transcriptional regulator, LysR family  67.8 
 
 		 297 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159657  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  58.5 
 
 		 297 aa  380  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 297 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 297 aa  374  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  61.28 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  59.66 
 
 		 297 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  58.98 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 299 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 312 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 297 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 		 297 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  57.82 
 
 		 300 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  57.97 
 
 		 297 aa  364  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 297 aa  362  4e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  56.9 
 
 		 300 aa  359  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  56.08 
 
 		 300 aa  359  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 297 aa  359  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  56.46 
 
 		 298 aa  358  8e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 298 aa  358  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  57.97 
 
 		 297 aa  358  8e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 		 310 aa  355  5e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  57.48 
 
 		 295 aa  352  2.9999999999999997e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  56.95 
 
 		 304 aa  351  8e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  55.25 
 
 		 301 aa  350  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.61 
 
 		 297 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 295 aa  345  4e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  55.25 
 
 		 297 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  55.78 
 
 		 296 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 296 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4800  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 297 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 295 aa  343  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35490  LysR family transcriptional regulator protein  55.59 
 
 		 297 aa  342  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6827  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  55.59 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  56.57 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  56.23 
 
 		 296 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 297 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6790  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 301 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.447849 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  55.75 
 
 		 291 aa  334  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4793  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 328 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 297 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 297 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  57.82 
 
 		 303 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4886  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5478  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5384  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1793  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 301 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 301 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  54.24 
 
 		 297 aa  328  5.0000000000000004e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 301 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2296  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01306  predicted DNA-binding transcriptional regulator  52.54 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.387264  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2317  transcriptional regulator, LysR family  52.54 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.342284  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1444  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01316  hypothetical protein  52.54 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.370669  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1976  transcriptional regulator, LysR family  52.54 
 
 		 299 aa  325  5e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1541  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 299 aa  325  5e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1568  transcriptional regulator, LysR family  52.2 
 
 		 299 aa  324  1e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6375  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 297 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.429031 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5627  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 297 aa  321  7e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4225  LysR family transcriptional regulator  55.6 
 
 		 275 aa  314  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.795038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  54.08 
 
 		 297 aa  312  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1212  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 297 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0934  transcriptional regulator, LysR family  56.08 
 
 		 299 aa  307  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.411668 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 297 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0476  LysR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 318 aa  300  3e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  48.31 
 
 		 305 aa  295  9e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 300 aa  279  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 297 aa  275  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 303 aa  272  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  44.26 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 301 aa  265  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  46.1 
 
 		 296 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>