More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1060 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  272  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 295 aa  272  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 295 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  46.77 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 300 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 		 298 aa  255  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 300 aa  252  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 294 aa  246  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 304 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  47.28 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  48.37 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 291 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  45.73 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  44.55 
 
 		 304 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  46.9 
 
 		 301 aa  235  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  47.96 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.88 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  45.02 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 324 aa  228  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  40.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  46.39 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  48.44 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  45.75 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 297 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  48.11 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  43.77 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  45.02 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  45.36 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  47.28 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  42.47 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 312 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 		 299 aa  219  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 296 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>