More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3113 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 302 aa  352  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 299 aa  344  1e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 307 aa  324  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 306 aa  322  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  56.71 
 
 		 302 aa  321  9.000000000000001e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  56.01 
 
 		 302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0011  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 322 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3684  transcriptional regulator, LysR family  58.36 
 
 		 315 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  55.67 
 
 		 302 aa  318  5e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.61 
 
 		 298 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  54.61 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5912  transcriptional regulator, LysR family  51.35 
 
 		 310 aa  310  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 300 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 300 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 299 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 303 aa  309  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 301 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 299 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  53.24 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  52.53 
 
 		 303 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 289 aa  300  3e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 306 aa  299  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 307 aa  245  8e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  41.1 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 304 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 311 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 305 aa  225  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  42.42 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  47.49 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  43.79 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 295 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3090  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 303 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 297 aa  208  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  41.47 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 297 aa  208  8e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 310 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 310 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.79 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 291 aa  201  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  42.09 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1553  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>