More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6037 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  591  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  99 
 
 		 310 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  86.62 
 
 		 300 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  86.15 
 
 		 300 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  86.15 
 
 		 300 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  80.81 
 
 		 299 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  80.47 
 
 		 299 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  77.29 
 
 		 302 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  75.67 
 
 		 303 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  76.08 
 
 		 303 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  76.35 
 
 		 299 aa  457  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  76.27 
 
 		 302 aa  454  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  77.97 
 
 		 302 aa  454  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  73.06 
 
 		 298 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  75.17 
 
 		 306 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  75.33 
 
 		 306 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 300 aa  431  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  72.66 
 
 		 289 aa  429  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 301 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5912  transcriptional regulator, LysR family  68.58 
 
 		 310 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0011  LysR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 322 aa  411  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  62.08 
 
 		 299 aa  355  2.9999999999999997e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 303 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 302 aa  335  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3684  transcriptional regulator, LysR family  59.2 
 
 		 315 aa  326  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  54.24 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 304 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 297 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  46.85 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 294 aa  245  6.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  46.4 
 
 		 291 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 312 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  47.14 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 295 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 296 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  40.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  48.15 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 324 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 297 aa  221  9e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 324 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  44.11 
 
 		 297 aa  208  7e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 295 aa  209  7e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  43 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  42.27 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>