More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1528 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 310 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 303 aa  338  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  55.82 
 
 		 302 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  52.38 
 
 		 300 aa  324  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  55.14 
 
 		 302 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  55.29 
 
 		 299 aa  317  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  53.24 
 
 		 300 aa  316  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  53.24 
 
 		 300 aa  316  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 300 aa  315  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  55.25 
 
 		 303 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 302 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 306 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3684  transcriptional regulator, LysR family  55.82 
 
 		 315 aa  306  3e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5912  transcriptional regulator, LysR family  51.85 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0011  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 322 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.68 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  54.21 
 
 		 303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 299 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 306 aa  297  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 289 aa  291  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 314 aa  235  6e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 291 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.73 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  39.86 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  219  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 295 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  41.02 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 301 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.64 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 297 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 296 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 324 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 329 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5667  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.561137 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 314 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 307 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4562  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>