More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2204 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  630  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 300 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 301 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 314 aa  263  4e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 297 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 295 aa  256  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  42.03 
 
 		 304 aa  252  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 324 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 329 aa  249  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 298 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 294 aa  248  9e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  40.65 
 
 		 324 aa  247  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6689  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 297 aa  245  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 303 aa  245  8e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 310 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 297 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 299 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 310 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 310 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 297 aa  239  5.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4298  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 298 aa  238  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 307 aa  238  8e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 300 aa  237  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 291 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3204  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  39.32 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  40.54 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4562  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 297 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 297 aa  231  9e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  41.91 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3868  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.909527  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4501  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7340  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 327 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.532831  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1994  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  40.48 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 302 aa  228  9e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1568  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.48 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  40.48 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01306  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.51 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.387264  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2317  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.342284  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01316  hypothetical protein  38.51 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.370669  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1541  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1444  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3142  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2296  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5802  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1976  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748438 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5844  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 302 aa  225  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.10316  normal  0.238321 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1793  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>