More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1261 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  598  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  65.1 
 
 		 305 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3684  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 315 aa  364  1e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  57.77 
 
 		 300 aa  352  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 299 aa  352  5e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  59.39 
 
 		 300 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  59.39 
 
 		 300 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 306 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  59.06 
 
 		 302 aa  338  8e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 300 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  57.77 
 
 		 299 aa  335  7.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  56.52 
 
 		 302 aa  334  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 300 aa  332  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  57.33 
 
 		 302 aa  332  4e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.29 
 
 		 298 aa  332  6e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0011  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 322 aa  330  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 301 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 300 aa  329  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 299 aa  328  6e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 303 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5912  transcriptional regulator, LysR family  56.38 
 
 		 310 aa  325  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  56.52 
 
 		 306 aa  319  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  55.85 
 
 		 303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 310 aa  318  7e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 289 aa  316  2e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 307 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 304 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  51.53 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  46.9 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 303 aa  248  8e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 296 aa  245  6.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  43.49 
 
 		 303 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  239  5.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 297 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  40.82 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  42.81 
 
 		 303 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  42.07 
 
 		 300 aa  231  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 314 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 295 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6689  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 324 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 291 aa  221  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  41.16 
 
 		 296 aa  221  9e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  42.03 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.69 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5891  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 295 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0761198  normal  0.505648 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  40.66 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 329 aa  215  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 324 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3090  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5667  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.561137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 295 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>