More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5891 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5891  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  594  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0761198  normal  0.505648 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0322  transcriptional regulator, LysR family  74.92 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.785134 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4562  transcriptional regulator, LysR family  57.34 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4298  transcriptional regulator, LysR family  57.34 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3204  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 297 aa  272  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1924  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.06 
 
 		 297 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 324 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  40.61 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6689  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  41.58 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 324 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 298 aa  198  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 314 aa  198  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3210  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  198  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  36.18 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3219  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.888048  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  38.23 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  38.54 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  38.11 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  38.19 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>