More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5263 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 324 aa  645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 300 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7268  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 321 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7340  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 327 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.532831  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 324 aa  265  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 297 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 301 aa  248  9e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 314 aa  245  6.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  43.79 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6689  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 308 aa  241  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1994  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 297 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3142  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 308 aa  238  9e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 324 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 308 aa  235  8e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3204  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 324 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  44.98 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 298 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  43.6 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 291 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.6 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 311 aa  229  7e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 312 aa  229  7e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 296 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.55 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 310 aa  225  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 302 aa  225  9e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  225  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  43.15 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  41.55 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  39.86 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1929  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4886  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5478  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5384  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 314 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  219  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>