More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6038 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  588  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  79.26 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  79.26 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  78.45 
 
 		 303 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  78.98 
 
 		 302 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  78.98 
 
 		 302 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  80 
 
 		 302 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  77.44 
 
 		 303 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  76.35 
 
 		 300 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  76.85 
 
 		 299 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  76.35 
 
 		 300 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  76.01 
 
 		 310 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  76.09 
 
 		 299 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  72.73 
 
 		 298 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  77.03 
 
 		 306 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  72.24 
 
 		 306 aa  443  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  74.22 
 
 		 289 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  72.11 
 
 		 300 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  70.81 
 
 		 301 aa  430  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5912  transcriptional regulator, LysR family  70.75 
 
 		 310 aa  424  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0011  LysR family transcriptional regulator  69.49 
 
 		 322 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 303 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 299 aa  335  5.999999999999999e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 302 aa  335  7.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3684  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 		 315 aa  328  8e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 305 aa  319  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 307 aa  317  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  54.61 
 
 		 300 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  47.77 
 
 		 314 aa  262  4.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 301 aa  255  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 297 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 307 aa  242  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.47 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  41.47 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 300 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  46 
 
 		 297 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  46.8 
 
 		 302 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 301 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 324 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 312 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  44.56 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 324 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  42.72 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 311 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 297 aa  218  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 296 aa  215  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.1 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.59 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1924  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  44.3 
 
 		 300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  41.5 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 297 aa  211  7.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  44.41 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 329 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1553  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  42.42 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5667  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.561137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>