More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3684 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3684  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  622  1e-177  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.167706 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  65.44 
 
 		 303 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 302 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  65.65 
 
 		 299 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3051  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  59.93 
 
 		 298 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0722301  normal  0.0408613 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  61.82 
 
 		 300 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  61.82 
 
 		 300 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 302 aa  358  6e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  62.03 
 
 		 302 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  61.15 
 
 		 299 aa  357  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  61.36 
 
 		 302 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5912  transcriptional regulator, LysR family  59.39 
 
 		 310 aa  352  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 299 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2113  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  59.2 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  58.86 
 
 		 310 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 299 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0011  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 322 aa  349  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  59.47 
 
 		 303 aa  348  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  57.67 
 
 		 300 aa  347  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3113  transcriptional regulator LysR family  58.36 
 
 		 300 aa  346  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498729  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6341  transcriptional regulator, LysR family  59.14 
 
 		 303 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 301 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2777  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 		 289 aa  342  7e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2782  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 310 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  57.58 
 
 		 306 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 304 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 298 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 297 aa  272  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 314 aa  265  7e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 295 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  50.86 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 		 312 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 324 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 300 aa  232  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  38.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  42.62 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 310 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 310 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 311 aa  222  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 329 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.2 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5263  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3204  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1924  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0148  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0156  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497114  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5891  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 295 aa  212  7.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0761198  normal  0.505648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 297 aa  212  7.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 297 aa  212  7.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 291 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  43.75 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>