More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5272 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5272  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  600  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 305 aa  332  6e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 297 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 301 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 302 aa  271  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  44.7 
 
 		 312 aa  259  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 324 aa  258  9e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 298 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 301 aa  251  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 303 aa  245  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0489  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 311 aa  243  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 294 aa  243  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  46.9 
 
 		 297 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 301 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5667  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.561137 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.88 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3318  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.551959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.84 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 296 aa  228  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 311 aa  226  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  38.31 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  40.21 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  38.93 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 314 aa  223  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1553  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  44.86 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0217  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3562  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 306 aa  218  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3958  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 299 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 297 aa  216  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6038  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.928597  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 329 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1994  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6337  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  40.34 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6037  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 297 aa  212  5.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1528  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.442273  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1934  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0252542 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 297 aa  209  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 304 aa  208  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3090  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>